Прошло 20 лет с тех пор ,как отгремела та самая битва Наруто и Пейна, которая снесла тогда Коноху, превратив ее в гигантский пустой кратер, заваленный руинами домов по его краям.. Но за это время много чего успело измениться. Деревня была постепенно отстроена заново. И она стала еще лучше, чем была и жизнь в ней забила ключом  пуще прежнего. Через три года после этой битвы , Цунаде передала свой пост Наруто и его мечта стать Хокаге сбылась. Сама же Цунаде решила посвятить себя полностью медицине . Она начала деятельность , которая касалась создания новых , более усовершенствованных больниц, которые были бы универсальными и вмещали бы в себя широкий профиль и виды оказания медицинской помощи и лечения. А также она работала над созданием более мощных видов меддзюцу, при этом набирая новых учеников и обучая их. Тем самым , количество медиков Конохи возросло и встало на более высокий уровень мастерства , чем ранее. Сакура Харуно была теперь вторым после Цунаде  сильным медиком Конохи.
Остальные также повысили свой уровень и стали значительно сильнее и , естественно опытней, освоив новые техники и открыв новые способности.
Но и в других направлениях жизни произошли изменения. У молодых героев Конохи появились семьи. И их дети , за это время успели закончить Новую Академию шиноби, став новыми генинами, а кое-кто уже и чунином. Сформировались новые команды связанные между собой не только долгом шиноби, но и узами крепкой дружбы с самого детства.

          С другой стороны за 20 лет произошли также события, которые не вызвали радости ни у кого. Спустя недолгое время после гибели Пейна , Саске напал на едва начавшую тогда возрождаться Коноху, превратив ее в руины. Во время боя с Наруто, во второй раз, оба почти погибли. Наруто едва выжил, а вот Саске …все думали ,что он погиб. Точнее так и было. Но, когда он был похоронен коноховцами, спустя сутки, неизвестный откопал и унес его труп. Этим неизвестным был Мадара. Он унес труп Саске и ему удалось найти в Кири загадочного типа, который провел свою жизнь в том, что изучал дзюцу воскрешения из мертвых, посредством обмена одних душ на другие. Убивая в своей лаборатории кого-то, он отправлял его душу в мир иной, но знал способ, как при этом получить взамен душу того, кого ему надо воскресить. Это была помесь некромантии , меддзюцу и еще чего-то никому неизвестного. Мадара нашел этого типа и таким образом тот, воскресил Саске из мертвых. После этого, Мадаре удалось уговорить Саске затаиться в подполье какое-то время ,чтобы создать новый план разрушения Конохи и захвата власти над миром. Из Акацук остались в живых Зетцу, Суйгецу, Джуго, ( которые вступили к ним позднее ) , а также через пять лет ряды организации пополнились еще пятью новыми членами. Они создали еще более мощную тайную организацию, которая посылала своих рядовых солдат ( шиноби шпионов, вступивших в Акацуки , давших клятву верно служить ) в разные страны и деревни для разведки с целью проследить за событиями жизни в деревнях, найти слабые места в политике, экономике и религиозных течениях, чтобы потом это все использовать в своих целях. Многие годы велся сбор информации. Мадара, сохраняя никому неизвестный секрет своего долголетия считал, что лучше подождать каких-то 20 лет , которые казались ему пустяком, чем поторопиться и снова провалить дело. Он внедрил своих тайных шпионов в ряды службы безопасности, торговли, экономики и даже политики. Кругом, куда ни ткнись, были его тайные агенты. Их задача сбор информации и постепенный подрыв внутренней структуры всех стран шиноби. Мадара считал, что постепенно ослабив страны, которые за последние годы усилили свои связи и развалив их изнутри, он сможет таким образом внести хаос и ,а потом захватить власть . Он мечтал стать повелителем всех этих стран,чтобы объединить их в Империю. И уж потом захватить джинчурики ему не составит труда. Он хотел это сделать хитрым и коварным способом. Таким, которого не ожидал никто. А еще, в этом ему поклялся помочь его новый соратник, тот самый некромант, воскресивший Саске.
За 20 лет произошли изменения в правящих кругах не только Конохи , но и других стран и деревень. На данный момент новые Каге и новые советники работают над решением вопросов в сфере политики, обороноспособности, экономики, сельского хозяйства, строительства , науки ,искусства и т.д.. Союз стран шиноби стал более крепким за последние два десятилетия. Однако некоторые, такие, как Ото и Юки сохраняют нейтралитет по отношению к остальным странам.
          Орочимару после гибели его предыдущего тела удалось выжить , захватив тело своего верного слуги Кабуто . Его клетки, которые в результате экспериментов, попали в тело Кабуто , стали изменять его внешний вид и постепенно захватили власть над разумом подручного. Таким образом Орочимару нашел новый путь к бессмертию. Но с годами сознание Кабуто, подавленное Орочимару, все же начало попытки протеста и вот теперь Кабуто борется , чтобы полностью подавить Орочимару в себе и пойти другим путем. Прожить остаток жизни по-другому. Чем закончится борьба двух сознаний в одном теле - не знает никто.
За прошедшие годы возникали проблемы и у членов Красной Луны. Произошло событие, которое принесло новые цели деревням. Однажды в грозовую ночь при попадании сильного разряда молнии в поверхность грунта, находящейся над помещением со статуей Гедо Мазо , нарушился ее энергетический баланс и это привело к сбою в ее силе, которая удерживала пойманных биджу. В результате этого, биджу вырвались на свободу, разрушив статую и часть стены пещеры, выходящую наружу. Все они разбежались кто-куда. Теперь деревни тайно ведут на них охоту. Каждая  хочет иметь это мощное оружие у себя и это может привести к новым столкновениям между странами. Но кто в итоге первым найдет биджу никто не знает. Охота и соперничество продолжаются. Акацуки уже в течение многих лет пытаются восстановить былой потенциал статуи и привести в рабочее состояние. Но это не так просто. Им удалось восстановить ее первоначальный образ, но функциональность пока нет. Для разгадки древнего секрета ее создания им понадобится еще время.